El museo de Santa Cruz ofrece a sus visitantes un espacio en el que se pretenden mostrar fondos que no tienen cabida en las exposiciones programadas. Esas obras además, han sido objeto de trabajos realizados por personal del museo o externos al mismo. Así, se podrán contemplar piezas recién ingresadas en el museo, objetos prestados para exposiciones celebradas en otras instituciones museísticas, bienes restaurados o fondos sobre los que se han llevado a cabo investigaciones, entre otros.
El Museo de Santa Cruz toma su nombre del edificio que le sirve de sede, el antiguo Hospital de Santa Cruz, fundado por el Cardenal Pedro González de Mendoza (1428-1495) como hospital general y para acogimiento de niños expósitos.
El edificio fue construido en las primeras décadas del siglo XVI, tras la muerte de su fundador, y constituye una de las obras arquitectónicas maestras del Renacimiento español. Tiene planta de cruz griega con dos pisos, un gran crucero central abierto a ambos pisos y un total de ocho crujías, más otra sala encima del zaguán, todas ellas cubiertas con techumbres de madera. Cuenta, además con dos patios claustrales dispuestos entre sus brazos.
En su diseño y ejecución trabajaron figuras tan señeras como Antón y Enrique Egas, famosos arquitectos toledanos de origen flamenco, y el maestro Alonso de Covarrubias.
Su magnífica portada, dedicada a la devoción de la Santa Cruz, el claustro principal y la espléndida escalera de Covarrubias, en el patio principal, justifican por sí mismo la visita a este Museo.
